菌种是灵芝生产的基础，选用良种是夺取灵芝优质高产的首要环节，一是菌种的遗传性状要好，二是菌种繁育的质量要好。目前生产上普遍使用的品种有很多，如信州2号和南韩灵芝两个品种，表现为适应性广，稳定性好，抗杂能力强，芝大形好，一级品率高，产量也高等特点，是浙江地区灵芝栽培的理想品种；福建省使用的圆芝6号、圆芝8号是中高温型菌种，特点是菌盖圆整、芝大盖厚、高产优质，适合短段木栽培；河南省使用的RJ-4菌种，特点是芝盖厚实，边缘平滑，稍微内卷，成熟后有大量的孢子粉产生；山西省使用的晋灵1号，特点是发菌快，出芝早，孢子粉多，抗杂性强。另外还有泰山赤芝、绿谷灵芝、赤芝109号、植保6号、云南4号、慧州1号、台芝1号、日本05号、日本2号等十多个品种在国内各地被广泛使用。